{"id":2750,"date":"2010-04-30T12:57:05","date_gmt":"2010-04-30T12:57:05","guid":{"rendered":"http:\/\/www.agglotv.com\/?p=2750"},"modified":"2010-04-30T12:57:05","modified_gmt":"2010-04-30T12:57:05","slug":"amber-11-active-par-gpu-met-un-supercalculateur-de-bureau-au-service-des-bio-scientifiques","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.agglotv.com\/?p=2750","title":{"rendered":"AMBER 11 activ\u00e9 par GPU met un supercalculateur de bureau au service des bio-scientifiques"},"content":{"rendered":"<div class=\"alignleft\"><script type=\"text\/javascript\"><!--\ngoogle_ad_client = \"pub-2913804460579993\";\n\/* 250x250, date de cr\u00e9ation 28\/04\/10 *\/\ngoogle_ad_slot = \"1337509044\";\ngoogle_ad_width = 250;\ngoogle_ad_height = 250;\n\/\/-->\n<\/script><br \/>\n<script type=\"text\/javascript\"\nsrc=\"http:\/\/pagead2.googlesyndication.com\/pagead\/show_ads.js\">\n<\/script><\/div>\n<p><strong>Les scientifiques travaillant sur la d\u00e9couverte de m\u00e9dicaments ont constat\u00e9 des performances informatiques multipli\u00e9es par 100.<\/strong><\/p>\n<p>La recherche scientifique concernant la d\u00e9couverte de m\u00e9dicaments prend  \u00e9norm\u00e9ment de temps. Cette recherche peut \u00eatre acc\u00e9l\u00e9r\u00e9e avec le lancement d&rsquo;AMBER 11, outil logiciel qui permet aux bio-scientifiques de s&rsquo;adjoindre la puissance d&rsquo;un supercalculateur sur leur PC de bureau.<\/p>\n<p>AMBER 11, derni\u00e8re version d&rsquo;une des applications les plus souvent utilis\u00e9es par les biochimistes et autres sp\u00e9cialistes impliqu\u00e9s dans la recherche de la dynamique mol\u00e9culaire, est optimis\u00e9 pour tourner sur des processeurs graphiques (GPU) NVIDIA\u00ae, qui multiplient par 100 la vitesse de l&rsquo;outil par rapport \u00e0 un serveur bas\u00e9 sur un CPU. Les GPU apportent sur une station de travail des performances qui sont \u00e9quivalentes \u00e0 celles d&rsquo;un supercalculateur, am\u00e9liorant ainsi la productivit\u00e9 car les scientifiques n&rsquo;ont plus \u00e0 attendre pour travailler sur un supercalculateur partag\u00e9 ou sur la grappe de serveurs d&rsquo;un d\u00e9partement.<\/p>\n<p>\u00ab\u00a0La ressource supercalculateur que nous utilisons est constamment embouteill\u00e9e, et nous devons attendre un jour voire plusieurs jours pour faire tourner une simulation, allongeant nos projets de plusieurs semaines\u00a0\u00bb, a d\u00e9clar\u00e9 Dr Ross Walker, professeur de recherche au San Diego Supercomputer Center de l&rsquo;Universit\u00e9 de Californie, San Diego et principal contributeur \u00e0 AMBER.<!--more--><\/p>\n<p>AMBER 11 est con\u00e7u pour tirer parti des GPU NVIDIA Tesla 20 qui utilisent l&rsquo;architecture massivement parall\u00e8le CUDA pour les besoins sp\u00e9cifiques des applications HPC. Au cours des premiers essais effectu\u00e9s par la communaut\u00e9 des utilisateurs AMBER, le Dr Walker a re\u00e7u plus d&rsquo;une douzaine de rapports montrant une acc\u00e9l\u00e9ration multipli\u00e9e par plus de 30 fois sur une vari\u00e9t\u00e9 de simulations bio-mol\u00e9culaires.<\/p>\n<p>\u00ab\u00a0Avec les GPU, nous pouvons r\u00e9aliser la plupart de nos travaux sur le PC et cela change tout. N&rsquo;importe quel d\u00e9partement de recherche cherchant \u00e0 investir dans des ressources informatiques pour faire tourner AMBER devrait commencer par \u00e9quiper chaque chercheur d&rsquo;une station de travail dot\u00e9 de GPU\u00a0\u00bb, a ajout\u00e9 le Dr Walker.<\/p>\n<p>Le Dr Walker a remarqu\u00e9 qu&rsquo;un seul GPU Tesla fournit autant de puissance de traitement qu&rsquo;un cluster hautes performances de 512 coeurs CPU en simulant une nanoseconde de la dur\u00e9e de vie d&rsquo;un nucl\u00e9osome en solvant implicite de 25 000 atomes. Dans une simulation de solvant explicite simplifi\u00e9e, comme le test JAC, le docteur a remarqu\u00e9 qu&rsquo;un GPU Tesla fournit la puissance de traitement \u00e9quivalente \u00e0 48 coeurs du supercalculateur NSF Ranger.<\/p>\n<p>\u00ab\u00a0Les augmentations des ordres de grandeur des performances permettent de nouvelles d\u00e9couvertes et le travail que nous avons fait avec le Dr Walker en fait partie\u00a0\u00bb, a d\u00e9clar\u00e9 Andrew Cresci, general manager du marketing chez NVIDIA. \u00ab\u00a0Gr\u00e2ce \u00e0 AMBER 11, les scientifiques peuvent d\u00e9sormais tester beaucoup de th\u00e9ories et simuler plusieurs sc\u00e9narios diff\u00e9rents gr\u00e2ce \u00e0 la vitesse apport\u00e9e par les GPU et, plus important encore, la facilit\u00e9 d&rsquo;acc\u00e8s aux stations GPU\u00a0\u00bb.<\/p>\n<p>Plus d&rsquo;informations sur AMBER 11, cliquez sur le lien : <a href=\"http:\/\/ambermd.org\/gpus\/\">http:\/\/ambermd.org\/gpus\/<\/a>. Plus d&rsquo;informations sur Tesla Bio Workbench de NVIDIA, l&rsquo;initiative de NVIDIA dans laquelle AMBER est un composant permettant aux bio-physiciens et chimistes de repousser les fronti\u00e8res de la recherche biochimique gr\u00e2ce \u00e0 l&rsquo;utilisation des GPU, cliquez sur le lien :  <a href=\"http:\/\/www.nvidia.com\/object\/tesla_bio_workbench.html\">http:\/\/www.nvidia.com\/object\/tesla_bio_workbench.html<\/a> <\/p>\n<p><strong>A propos de NVIDIA <\/strong><br \/>\nNVIDIA a secou\u00e9 le monde de la puissance graphique en inventant le processeur graphique (GPU) en 1999. Depuis, NVIDIA a constamment \u00e9tabli de nouveaux standards dans l\u2019informatique visuelle avec des traitements graphiques interactifs \u00e9poustouflants disponibles sur toutes sortes d\u2019appareils tels que les lecteurs multim\u00e9dia portables, les PC portables et les stations de travail. L\u2019expertise de NVIDIA dans les GPU programmables a conduit \u00e0 des innovations dans le traitement parall\u00e8le pour faire d\u2019un supercalculateur une machine peu co\u00fbteuse et largement accessible. La soci\u00e9t\u00e9 poss\u00e8de plus de 1100 brevets am\u00e9ricains, dont certains couvrant la conception et les id\u00e9es fondamentales pour l&rsquo;informatique moderne.<br \/>\nPlus d\u2019informations sur : <a href=\"http:\/\/www.nvidia.fr\">www.nvidia.fr<\/a>.<\/p>\n<p>Contacts \t<\/p>\n<p>NVIDIA Corporation<br \/>\nSt\u00e9phane Quentin<br \/>\nSouthern Europe Product PR Manager<br \/>\nEmail: squentin@nvidia.com<br \/>\nDirect: +33 1 55 63 84 93 <a href=\"http:\/\/www.nvidia.fr\">www.nvidia.fr<\/a><\/p>\n<p>Agence de Relations Presse<br \/>\nActual Public Relations<br \/>\nPascale Desmaele \/ La\u00ebtitia D\u2019Urso<br \/>\nT\u00e9l : 01 41 10 41 12 \/ 14 Fax : 29<br \/>\npascale@actual.fr, laetitia@actual.fr<br \/>\n<a href=\"http:\/\/www.actual.fr\">www.actual.fr<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Les scientifiques travaillant sur la d\u00e9couverte de m\u00e9dicaments ont constat\u00e9 des performances informatiques multipli\u00e9es par 100. 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